El Tribunal Eclesiástico de la Prelatura de Moyobamba es el organismo mediante el cual el Obispo Prelado ejerce la potestad judicial que le corresponde conforme al Derecho Canónico. Su misión es garantizar el acceso de los fieles a la justicia eclesial, promoviendo siempre la verdad, la caridad y la salvación de las almas.

Brinda acompañamiento jurídico-pastoral especialmente en las causas relacionadas con la nulidad matrimonial y otros procedimientos contemplados por la legislación canónica.